Juan Luis Guerra Seijas es hijo del matrimonio conformado por el ya fallecido jugador de baloncesto Gilberto Guerra y Olga Seijas, nació y creció en Santo Domingo. En sus años infantiles, Guerra solía animar las veladas escolares como cantante, con canciones sentimentales. Al concluir el bachillerato, cursa durante un año Filosofía y Literatura en la Universidad Autónoma de Santo Domingo (UASD), luego decide que la música es su vocación y se cambia al Conservatorio Nacional de Música. Guerra era un gran admirador en ese momento de los Beatles. Casa de Teatro se convirtió en el primer espacio donde Juan Luis Guerra se presentó como "cantautor".

Al concluir sus estudios en el Conservatorio de Santo Domingo, Guerra decide estudiar composición y arreglos en el Berklee College of Music en Boston (Estados Unidos). A este viaje va con muchas expectativas y con una carta que, a petición de una amiga, debía entregar a una estudiante de diseño llamada Nora Vega, quien se convirtió después en su esposa e inspiración para sus temas.La pareja tiene dos hijos.

Actualmente, Guerra es considerado uno de los compositores más famosos y relevantes de la música popular Latinoamericana